Дослідження впливу факторів середовища на життєдіяльність організмів
складають найбільш різноманітну групу методів екології. До їх числа входять досить складні і тривалі спостереження в природі. Але частіше використовуються експериментальні підходи, коли в умовах лабораторії вивчається вплив того чи іншого фактору на організм. Таким чином встановлюються оптимальні або граничні умови існування організмів, норми їх реакції на фактори середовища.
Методи вивчення взаємостосунків між організмами у багатовидових угрупованнях. Тут також важливі натурні спостереження та лабораторні дослідження харчових стосунків; досліди з переносом “міток”, наприклад радіоактивних ізотопів, за допомогою котрих можна визначити, скільки органічної р-ни і енергії переходить від однієї ланки трофічного ланцюга до іншої: від рослин до травоїдних тварин, від травоїдних тварин до хижаків.