Важлива роль у біологічному самоочищенні водорухової функції фільтраторів. Перемішування вод, яке вони викликають, прискорює процес мінералізації органіки і біологічної детоксикації забруднень. Суттєва також і біоседиментація, пов’язана з осіданням на грунт відмерлих організмів. Токсичні та інші забруднюючі речовини, які в них містяться, захороняються у надзвичайно великих кількостях. Усі гідробіонти певною мірою здатні руйнувати або знешкоджувати різні токсині речовини. Так, руйнування нафти і нафтопродуктів на 10-90% здійснюється мікроорганізмами по типу окислювальної асиміляції: такою властивістю володіє близько 100 видів бактерій, грибів. У наш час на підставі вивчення життєдіяльності нафтоокислюючих бактерій розроблений ефективний метод біологічної очистки вод, що містять нафтопродукти.